Eine Impfung ist wie jede andere Verabreichung von Arzneimitteln nicht frei von Nebenwirkungen. Aber angesichts der schweren Infektionskrankheiten mit ihren Folgeschäden und Todesfällen, wie man sie noch in der Vor-Impfära kannte, relativiert sich das Impfrisiko. Impfempfehlungen werden nur für Impfstoffe ausgesprochen, bei denen Komplikationen durch die Erkrankung deutlich häufiger sind als die sehr selten auftretenden Impfkomplikationen, so dass eine Risiko-Nutzen-Abwägung immer zugunsten des Impfstoffs ausfällt.
Als 'normale' Reaktion auf den Impfstoff werden lokale (Rötung und Schwellung an der Injektionsstelle) und leichte allgemeine Symptome (z. B. Fieber) beobachtet. Hiervon sind die sehr seltenen durch den Impfstoff hervorgerufenen Komplikationen zu unterscheiden, die in einem ursächlichen Zusammenhang mit der Impfung stehen. Impfkomplikationen werden im Rahmen von staatlichen Versorgungsleistungen entschädigt, wobei in Deutschland zur Anerkennung eines Impfschadens der mögliche Zusammenhang mit der Impfung ausreicht. Die Auswertung einer Befragung der Versorgungsverwaltungen der Länder zeigt, dass Entschädigungen und Anträge auf Entschädigungen zu Impfkomplikationen für den Zeitraum von 1991 bis 1999 rückläufig sind. Während im Zeitraum 1976 bis 1990 allein in der BRD 4.569 Anträgen auf Entschädigung gestellt wurden, waren es nach der Wiedervereinigung zwischen 1991 und 1999 nur noch 2.543 (7).
Die überwiegende Anzahl aller anerkannten Impfschadensfälle sind Schadensfälle nach Pockenschutzimpfungen (64,7% aller Schadensfälle), gefolgt von 8,1% nach Schluckimpfung gegen Polio und 6,6% nach Impfung mit BCG-Impfstoff. Diese Impfungen sind seit längerem nicht mehr empfohlen. 3,3% der Entschädigungen betreffen Schadensfälle nach Impfung mit dem Ganzkeim-Pertussis-Impfstoff, der ebenfalls von der STIKO nicht mehr empfohlen wird. Zwischen 1991 und 1999 betrafen insgesamt sieben Fälle die MMR-Impfung. (das ist seltener als 1 Schadensfall pro 2 Millionen Impfdosen).
