Schäfer hatte mit dem Pinochet-Regime Verhandlungen geführt. So bestand seit dem Putsch im September 1973 zwischen der chilenischen Militärdiktatur und der Kolonie eine enge Kooperation. In deren Rahmen wurde das abgeschottete Gelände der Sektenkolonie von Pinochets Geheimdienst Dina als Quartier zur Inhaftierung, Folter und Ermordung von Regimegegnern genutzt.[5] Das ganze Ausmaß der Handlungen in der Kolonie wurde ab 2005 Gegenstand polizeilicher Untersuchungen.
Mehrere deutsche Politiker besuchten Schäfers Kolonie, 1977 auch der spätere bayerische Ministerpräsident Franz Josef Strauß, als er zur Pinochet-Zeit den Ehrendoktortitel der Universidad de Chile erhielt. Schäfer hatte die schützende Unterstützung der deutschen Botschaft in Santiago, deren Gebäude unter anderem von Handwerkern aus der Colonia Dignidad im Inneren renoviert wurde. Versuche, Familienangehörige mit Hilfe des Auswärtigen Amtes aus der Sektenkolonie herauszuholen, scheiterten auch, weil Angehörige der Botschaft der Bundesrepublik Deutschland dort ein und aus gingen. Neben anderen pflegte Botschafter Erich Strätling engen freundschaftlichen Kontakt mit Schäfer.[5] Frühere Sektenmitglieder klagen, dass sie von der deutschen Botschaft nach Fluchtversuchen wieder in die Colonia zurückgeschickt wurden.
Im April 2016 hat Bundesaußenminister Frank-Walter Steinmeier jahrelange gravierende Versäumnisse des Auswärtigen Amtes und des damaligen Botschaftspersonals eingeräumt: „Von den sechziger bis in die achtziger Jahre haben deutsche Diplomaten bestenfalls weggeschaut – jedenfalls eindeutig zu wenig für den Schutz ihrer Landsleute in dieser Kolonie getan“.[8] Es gelang dem Sektenführer bis über das Ende der Pinochet-Diktatur hinaus, ein positives Bild von „deutscher Schaffenskraft“ im Ausland zu vermitteln.
