In den Gruben, die dem jüngsten Abschnitt zuzuordnen sind, lag eine Vielzahl menschlicher Knochen, vielfach zerschlagen, fast immer aus dem anatomischen Verband gelöst. Die Zahl von mindestens 450 Schädeln (bei noch nicht abgeschlossener Ausgrabung der Grubenanlage) belegt, dass in Herxheim sehr viel mehr Menschen bestattet wurden, als dort innerhalb der jüngsten Phase der Bandkeramik gewohnt haben können. In den Gruben fanden sich außerdem zahlreiche andere Funde, wie Töpferware, Silex oder Mahlsteine, die vielfach ebenfalls bewusst zerstört worden sind.[3]
Die bei Herxheim gefundenen Knochen zeigen Spuren gezielter Schnitte. Flache, schmale Schnitte auf Schädelkalotten weisen auf Skalpierung der betroffenen Individuen hin, Spuren an anderen menschlichen Knochen auf Enthäuten, Durchtrennung von Sehnen wie bei Amputationen sowie auf Dekarnation (Entfleischung). Die Spuren erscheinen solchen an den Knochen geschlachteter Tiere vergleichbar. Häufig sind die Knochen zerkleinert, das Muskelfleisch abgeschabt. Nach einer Untersuchung der von Kalksinter gereinigten Knochen und der daran befindlichen Schnittspuren deute Bruno Boulestin, ein Anthropologe der Universität Bordeaux, die gefundenen Knochen als Reste kannibalischer Mahlzeiten.[4] Ebenso deuten Analysen des in den Knochen enthaltenen Kollagens eindeutig darauf hin, dass dieses durch Kochen erhitzt und dabei teilweise zerstört wurde. Desgleichen werden Brandspuren an einigen Schädeln dahingehend gedeutet, dass diese Schädel durch kurzzeitig einwirkende Feuerhitze geschädigt wurden. Brandtypische Verfärbungen ließen sich nur an den Vorderzähnen finden, nicht aber an den Backenzähnen. Die an der Untersuchung beteiligten Wissenschaftler wiesen darauf hin, dass derartige Spuren stets entstehen, wenn sich die Lippen eines Menschen durch das Verbrennen aufrollen und die Vorderzähne freilegen, während die Backenzähne meistens durch das dickere Muskelfleisch der Wangen besser vor der Feuereinwirkung geschützt seien.
